La MUFRAMEX se encuentra bajo la doble tutela del Ministerio de Enseñanza Superior, de Investigación e Innovación (MESRI) francés, así como de la Secretaría de Educación Pública (SEP) mexicana. Cuenta con un Consejo de Orientación y Evaluación (COE) de alto nivel compuesto por instituciones gubernamentales, universitarias y científicas provenientes de los dos países, por ende representantes a partes iguales. La MUFRAMEX está vinculada administrativamente a la Universidad Federal de Toulouse Midi-Pyrénées.
