Placée sous la double tutelle du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR, France) ainsi que de la Secretaría de Educación Pública (SEP, Mexique), la MUFRAMEX est dotée d’un Conseil d’Orientation et d’Évaluation (COE) de haut niveau, composé d’institutions gouvernementales, universitaires et scientifiques provenant des deux pays, représentées à parité égale. Administrativement, la MUFRAMEX est rattachée à l’Université de Toulouse.
