Aunque la presencia francesa en México data de principios del siglo XIX, es después de la Segunda Guerra Mundial que se abren centros académicos franceses en México. A partir de los años sesenta las relaciones universitarias y científicas entre los dos países comenzaron a consolidarse, impulsadas por un fuerte interés común. El auge de esta cooperación no cesó de crecer. Así, en 1998 el Salon EduFrance, destinado a promover los intercambios universitarios, recibió 200 000 visitantes en México.
En este contexto nació, en noviembre de 1998, la idea de crear una “Casa de México” en Toulouse. De hecho, en la visita de Estado del ex presidente francés Jacques Chirac a México, el ministro de Educación Nacional, Claude Allègre, propuso la creación de la misma como una medida para reforzar la cooperación franco-mexicana. A finales de ese mismo año, el Pôle Universitaire Européen de Toulouse (PUET) fue elegido para pilotar el proyecto.
El proyecto de crear una “Casa de México en Toulouse” (MMT, por sus siglas en francés) pasó por un largo periodo de gestación marcado por la visita de embajadores de la Comisión Mixta (en marzo del 2000): Julio Rubio Oca, secretario de Estado en la enseñanza superior e investigación (misión DRIC, abril del 2001), Reyes S. Tamez Guerra, ministro mexicano de Educación Pública (noviembre del 2001), precedido por la visita de Vicente Fox, ex presidente de México (octubre del 2001).
Successivamente se nombraron jefes de proyecto: Jérôme Monnet (2000), Romain Gaignard (2001), Joël Bertrand y Julián Montemayor (2002). En octubre del 2003 el ministro de Educación Pública, Taméz Guerra, volvió a Toulouse para conocer los avances del proyecto y anunciar la voluntad de México de implicarse en él.
Inmediatamente fueron puestas en marcha las negociaciones para la redacción de un Memorando de Acuerdo que validó jurídicamente la creación de dicho organismo. El mismo año, Julián Montemayor fue nombrado jefe de proyecto de la Casa Universitaria Franco-Mexicana, de alcance nacional.
El 21 de octubre del 2004 los ministros de Educación Nacional en Francia, Claude Allègre, y de Educación Pública en México, Tamez Guerra, firmaron en París el Memorando de Acuerdo que vio nacer a la actual Casa Universitaria Franco-Mexicana (MUFM, por sus primeras siglas en francés), definiendo sus misiones, actividades y funcionamiento. Anteriormente domiciliada en el Pôle Universitaire Européen de Toulouse, en 39 allées Jules Guesde, la MUFM se instala en 2009 en las oficinas facilitadas por el rectorado de la Académie de Toulouse, en el antiguo “couvent des Cordeliers”, en 15 rue des Lois, en el centro de la ciudad. Es en 2012 que México envía a la primera secretaria ejecutiva, Karla Negrete, y que un nuevo equipo es conformado bajo la dirección de Bernard Labatut, profesor en la Universidad Toulouse 1-Capitole.
La MUFRAMEX ha firmado múltiples acuerdos de cooperación con importantes actores en el medio académico francés y mexicano. Estos acuerdos le han permitido construir redes privilegiadas de asociados, con quienes realiza anualmente proyectos y actividades que faciliten el encuentro y la cooperación entre las comunidades científicas de ambos países.
El 11 y 12 de abril de 2014, el presidente francés François Hollande se reunió con su homólogo mexicano, el presidente Enrique Peña Nieto, en el marco de una visita oficial. Este evento permitió renovar las relaciones entre Francia y México, disminuidas desde la anulación del año México en Francia en 2011.
Este encuentro fue la ocasión para ambos jefes de Estado de firmar una declaración conjunta cuyos 58 temas tocaban diversas áreas, como la enseñanza, la ciencia y la tecnología. Se inventariaron más de 500 acuerdos entre las universidades de ambos países y se subrayó el hecho de que Francia ocupa el 3er lugar como país de acogida de estudiantes mexicanos en el extranjero. Otro punto destacable fue la importancia de impulsar los programas de enseñanza y validación de los dobles títulos franco-mexicanos, así como la implantación mutua de antenas de instituciones de enseñanza superior e investigación en cada país. Dicho documento destaca igualmente la cooperación entre el CONACyT, el CNRS y el ARN de cuyo trabajo resultan los proyectos MEXFITEC y MEXPROTEC, entre otros.
Con el objetivo de ratificar los compromisos adquiridos en materia universitaria y, en el marco de la conmemoración de su décimo aniversario, se decidió en octubre de 2014 incrementar las actividades de la Casa Universitaria Franco-Mexicana de Toulouse.
Esta renovación de relaciones diplomáticas lo fue también para la MUFRAMEX. Existía ya una fuerte voluntad de darle un nuevo impulso; por parte del embajador de México, S.E. García Loaeza, y de Marie-France Barthet, rectora de la UFTMiP y de la Comunidad de Universidades y Establecimientos (ComUE). Dicha voluntad se tradujo en la disposición número 38 de la declaración conjunta, que indica la decisión de “intensificar las actividades de la Casa Universitaria Franco-Mexicana de Toulouse” con el fin de dar respuesta a los compromisos adquiridos en materia universitaria. La MUFRAMEX conmemoraba en 2014 su décimo aniversario con una nueva dirección, un nuevo acuerdo administrativo y con la promesa de nuevas oficinas para el año 2015.
En julio de 2015 fue el turno del presidente de los Estados Unidos Mexicanos, Enrique Peña Nieto, de venir a Francia. Esta oportunidad permitió darle seguimiento a los acuerdos adquiridos un año antes e impulsar de nuevo el trabajo en común. Se firmaron 70 acuerdos, de los cuales 13 en presencia del presidente de México y 2 (acuerdos 32 y 33) tratan específicamente sobre la MUFRAMEX.