La MUFRAMEX se encuentra bajo la doble tutela del Ministère de l’Enseignement et de la Recherche (MESR, Francia), así como de la Secretaría de Educación Pública (SEP, México). Cuenta con un Consejo de Orientación y Evaluación (COE) de alto nivel compuesto por instituciones gubernamentales, universitarias y científicas provenientes de los dos países, por ende representantes a partes iguales. La MUFRAMEX está vinculada administrativamente a la Université de Toulouse (Francia).
